Fehér János több évtizedes kutató tevékenysége során a pusztító szabadgyökök lekötésével foglalkozott, a szabadgyök-elmélet ismert képviselőjének számított. Tudományos munkássága eredményeként a világon elsőként ő és kutatócsoportja tudta dokumentálhatóan kimutatni a korai szifiliszes hepatitisz kórokozóját élő emberi májszövetben.
A professzor igazgatta a Semmelweis Egyetem II. számú Belgyógyászati Klinikáját, és nyugdíjasként is gyógyított az intézményben. A betegeket még halála napján, múlt pénteken is fogadta. Sokoldalú tevékenységéhez tartozott az Orvosi Hetilap főszerkesztői teendőinek ellátása is. Mindvégig szoros kapcsolatot tartott fenn szülőfalujával, amely díszpolgárává választotta.