Egyre inkább teret nyer a magyarországi mezőgazdaságban a nap-, a szél-, a geotermikus energia, illetve a biomassza alkalmazása. A megújuló energiákkal nem csak a környezetszennyezés csökkenthető, de az egyes termékek előállítására fordított költség is mérsékelhető.
Megújulóenergia-forrásnak számít olyan közeg vagy természeti jelenség, amelyek emberi időléptékben képesek megújulni, úgy, mint a napenergia, szélenergia, vízenergia, biomassza vagy geotermikus energia. A mezőgazdálkodás mindig is energiatermelő tevékenységet jelentett, így a megújuló energiákkal nemcsak a környezetszennyezés és a fosszilis energiáktól való függés csökkenthető, hanem a lokális energia felhasználásával a termék előállítására fordított költség is mérsékelhető. A magyarországi Nemzeti Cselekvési Terv szerint jelentősen növelni kell a megújuló energiaforrások alkalmazását.
Érdemes a szélenergiát is bevetni a mezőgazdaságban, a művelés alatt álló szántóföldeken telepített kis alapterületű szélerőművek okozta légörvények ugyanis felgyorsíthatják a növények és az atmoszféra alacsonyabb része közötti természetes légcserét, amely minimalizálja annak esélyét, hogy a leveleken elszaporodjanak a gombák.
A nap energiája, megfelelően elhelyezett eszközökkel, kiválóan hasznosítható például melegvíz előállítására, fűtésre, szárításra, továbbá kiegészítheti akár a villamosenergia-hálózatot is.
Az élelmezési és takarmányszükségletet meghaladó mennyiségben képes a magyar mezőgazdaság fenntarthatóan biomasszát előállítani és jelentős a biogáz-előállítási potenciál is. A biomassza segítségével fosszilis tüzelőanyagok válthatóak ki és ideális esetben az elégetett növényi anyag egy éven belül újratermelődik, emellett a biomasszából bioetanolként üzemanyag is készíthető. Az állattartás szerves anyagainak energetikai felhasználása (biogáz) produktív hulladékkezelést tehet lehetővé, javítva az ágazat versenyképességét.
Magyarország Európa kedvező geotermikus potenciállal rendelkező régiói közé tartozik, az ország jelenleg közel 200 mélyfúrású termálkútból lát el növényházat. Az energiatermelés 0,6 százaléka már termálenergiából származott 2010-ben, és ebből mindössze 27 százaléknyi felhasználás realizálódott a mezőgazdaságban.