Az Észak-dunántúli Környezetvédelmi és Vízügyi Igazgatóság is részt vesz a Magyar-Osztrák Vízügyi Bizottság munkájában, mely a határtérségben felmerülő vízgazdálkodási kérdések megvitatásának érdekében jött létre a két ország közös érdekeinek figyelembevételével.
A Bizottság az elmúlt több mint 55 éves tevékenysége során a Fertő tó vízgazdálkodásával többször is foglalkozott, hiszen Közép-Európa egyik kiemelkedő természeti értékéről, s ma már az UNESCO világörökségének részéről van szó. A Fertő tó vízminősége, vízháztartása, árvizei, néha szélsőséges kisvizei a hozzá szervesen kapcsolódó levezető rendszerrel együtt sok megoldandó feladatot adtak a Bizottságnak és a két ország szakértőinek.
Az új zsilipkezelési szabályzat létrehozására azért volt szükség, mert a jelenleg érvényben lévő szabályzat elsősorban árvízvédelmi szempontokat vett figyelembe és az elmúlt évek üzemelési tapasztalatai bebizonyították, hogy a korábbinál rugalmasabb és víztakarékosabb szabályzásra van szükség.
Az igazgatóság, az új zsilipkezelési szabályzat engedélyeztetését 2010. decemberében indította el. Kidolgozásánál a két ország szakértői a több mint 120 éves meteorológiai adatsorok és több évtizedes vízrajzi észlelések alapján vizsgálták a tó várható vízszintjét, és több alternatív üzemeltetési változatot is részletesen elemeztek. A vizsgálatok alapján lehetővé vált, hogy a tó szabályozási szintjét 10 cm-rel megemelik úgy, hogy ezzel a mindkét országban elfogadott 100 évenként előforduló árvizek szempontjából az árvízi biztonság még megfelelő lesz.
A jelenlegi üzemeltetési szabályzatba a korábbinál rugalmasabb előírások kerültek bele, így a vízleeresztés mértékét és időpontját úgy határozták meg, hogy a Hanságon keresztül folyó levelezető rendszert minél kevésbé terhelje. Természetesen a vízlevezetésére továbbra is csak a Hanság főcsatornán és a Rábcán keresztül van lehetőség, de a közösen elfogadott karbantartási programnak köszönhetően a medrek még a felső szakaszon is képesek lesznek az előírt maximális vízhozam károkozás nélküli levezetésére.
A térségben élőknek továbbra is számolni kell belvízi elöntésekkel. A Fertő tóból csak indokolt esetben és a legszükségesebb mértékben történik vízlevezetés, általában úgy, hogy a víz kivezetése a betorkolló csatornákból a zsilipek nyitásával lehetővé váljon. Jelenleg is így folyik a tó üzemeltetése. Előfordulhat, hogy a zsilipek nyitására nem mindig van lehetőség, ekkor a szivattyútelepek gondoskodnak a vízlevezetésről.
A megemelt vízszint hozzájárul a Fertő tó jó ökológiai állapotának megőrzéséhez, így az EU Víz Keretirányelv céljainak megvalósulásához. Várhatóan csökkenti a kisvizek gyakoriságát, javítja a nádas területek vízcseréjét és kedvező feltételeket nyújt a rekreációs lehetőségekhez.
